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Cet ouvrage fait partie d'un ensemble d'études consacrées au concept de transparence dans les sciences et la philosophie classiques (XVIIe-XVIIIe s.). En s'appuyant sur ce concept, l'auteur essaie de montrer, à la suite d'Alexandre Koyré, que, loin d'être née dans une opposition à la métaphysique, la science classique a, au contraire, pris racines en son sein. Toutefois, à la différence des sciences de la matière dite inerte qui se sont développées selon un modèle rationnel pur, empruntant sa clarté et sa rigueur aux mathématiques, les sciences du vivant ont mis en oeuvre une épistémologie du sensible, reposant sur l'observation et l'expérimentation.
Cette pratique scientifique croyait trouver son fondement dans ce postulat que le monde sensible n'est que le développement d'un ordre intelligible qui y est enveloppé. Les formes y seraient dessinées dès l'origine, mais en miniature et dans la transparence, et les vivants ne feraient que les manifester à mesure qu'ils se nourrissent et s'accroissent jusqu'à atteindre leurs dimensions normales. Cette manière de voir, défendue par la théorie de la préformation, trouvait son meilleur domaine d'application dans l'embryologie, qui devait représenter un modèle épistémologique pour les autres sciences du vivant, parce qu'ayant apporté la solution scientifique au problème métaphysique de l'origine des formes.
De la métamorphose des insectes, à la formation des quadrupèdes, tous les genres d'organisation devaient reproduire le modèle le plus simple, celui qu'on voit dans les végétaux, où le bourgeon comprend déjà une plante ou un arbre déjà formé. L'organisation du vivant ne serait que la venue du germe à l'existence sensible.
