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Quand des terroristes génétiquement modifiés s'infiltrent sur l'île de Shadow Moses pour dérober le Metal Gear Rex, une arme de destruction massive, le soldat Solid Snake doit sortir de sa retraite anticipée. Libérer les otages et éviter une détonation nucléaire : tel est l'objectif officiel de cette mission. Mais lorsque des informateurs meurent dans ses bras, qu'une force invisible semble attaquer la base et qu'un adversaire redoutable du nom de Liquid Snake se révèle, le super-soldat se rend vite compte qu'il est le pion d'une machination tentaculaire...
