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Le conflit à Okinawa prend fin avec la capture de Chisato, une magical girl illégale. Malheureusement, le camp de l'humanité n'a pas triomphé pour autant ; l'ennemi est parvenu à récupérer l'artefact offert par le général Dabila aux Magical Girls. De retour à Tokyo, Iizuka et l'état-major décident d'intervenir dans la guerre non-conventionnelle se déroulant dans la partie est de l'Ukraine. L'unité M, menée par Asuka, s'apprête donc à s'envoler pour l'Europe où plane l'ombre de l'armée de Babel.
Celle-ci est secrètement entrée en contact avec l'armée russe, avec laquelle elle semble avoir conclu un pacte.
