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La vigne sauvage est présente dans le Nord-Loire depuis des temps très anciens, et l'on sait qu'elle était déjà cultivée à Couëron dès le haut Moyen Age. Vers 1460, le clos du Berligou, situé à Couëron près de Nantes est planté avec du Pinot noir à la suite d'un don de Charles le Téméraire au duc de Bretagne François II. Le Berligou acquiert alors une grande réputation à la suite des visites d'Henri IV puis de Louis XIV à Nantes, mais reste essentiellement cultivé autour de Couëron.
Pendant les guerres révolutionnaires, le vignoble local est peu affecté et le transport des vins vers Nantes reprend au cours de la première moitié du XIXe siècle où il atteint son apogée. Le Berligou est alors un vin populaire. L'arrivée des maladies cryptogamiques venues d'Amériques à partir de 1850 sonne son déclin et le phylloxera le fait disparaître définitivement du paysage viticole nantais.
A partir de 1930, un enchaînement de circonstances heureuses va permettre d'en retrouver quelques ceps miraculeusement préservés, et de les sauvegarder finalement dans le conservatoire des cépages du musée du Vignoble. A partir de 2003, le Groupe des 12 va redonner ses lettres de noblesse au Berligou, le Pinot noir breton, dans l'optique d'une diversification de la production nantaise, essentiellement orientée vers les vins blancs.