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Vers 1875, une recrudescence des tensions dans l'archipel des Comores se traduisit par une guerre à la Grande Comore où le jeune sultan Saïd Ali parvint non sans peine à remonter sur le trône de son grand-père, après avoir tué son adversaire Moussafoumou. Les Mohéliens enduraient pendant ce temps la tyrannie d'un roitelet sanguinaire qu'ils mirent à mort en 1885, tandis qu'Anjouan elle-même voyait reparaître le spectre de la guerre civile...
En 1886, les Français, encouragés par Bismarck établirent leur protectorat sur les trois îles. Accueilli par des insurrections, bientôt maîtrisées, le régime fut caractérisé par l'instauration d'une économie de pillage, dont les maux furent particulièrement perceptibles à la Grande Comore, abandonnée un temps à la mégalomanie du colon Léon Humblot, ainsi qu'à Anjouan. Alertés par les officiers de marine et par un député de la Réunion, les milieux politiques de la métropole finirent par s'émouvoir.
Le sultan de la Grande Comore, Saïd Ali, exilé à l'instigation de Léon Humblot, fut ainsi réhabilité et put reparaître dans son île tandis que des interventions parlementaires attiraient l'attention sur la condition pitoyable des insulaires. L'abolition du protectorat et l'annexion des trois îles, en 1812, eurent sans doute pour effet de mettre un terme aux abus les plus scandaleux.
