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Le troisième tome de La philosophie captive, Le temps des incertitudes, trace quelques perspectives sur les problèmes qui apparaissent au confluent des interrogations contemporaines sur le salut et sur le savoir, dans le contexte d'un " désenchantement " qui fait vaciller les vérités et proliférer les différences. Trois sortes de discours animent les voix de la civilisation occidentale : le discours religieux, dont l'objet est le salut spirituel de chaque individu ; le discours philosophique, dont l'objet est la quête du sens de l'existence personnelle ; le discours scientifique dont l'objet est la connaissance d'un ordre dans lequel les phénomènes physiques, vivants et sociaux se nouent dans l'espace et le temps.
Or l'histoire de ces trois discours révèle que celui de la philosophie fut, par deux fois, gravement altéré, dévoyé, et contraint par des forces qui étaient étrangères à sa nature. Une première fois, lorsque la philosophie fut soumise à n'être que " la servante de la théologie ", statut que lui octroyait une communauté et une autorité extérieure à sa discipline. Une seconde fois, lorsque, après le printemps de la Renaissance, elle fut soumise au droit de regard que le pouvoir scientifique prétendit exercer sur elle dans les allées ouvertes par la révolution galiléenne et newtonienne.
Ainsi, soit qu'elle serve d'appareil rhétorique à un dogme religieux, soit qu'elle subisse l'assaut du positivisme et du scientisme, qui la réduisent à n'être que le supplément d'âme d'une technocratie planétaire, la philosophie se vit refuser son statut de discipline discursive à part entière.
