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Le 5 mars 1616, un décret de la Congrégation de l'Index annonçait officiellement la condamnation des idées de Copernic sur le mouvement de la Terre. Cette censure ecclésiastique est devenue l'emblème d'une négation de l'autonomie de la recherche scientifique par les dogmes religieux. Aujourd'hui, la question des relations entre sciences et religions et des appels au "dialogue" entre ces deux domaines pourtant si éloignés par leurs objets et leurs méthodes refait surface.
Le thème du conflit a dominé les débats qui ont opposé depuis le XVIIe siècle les savants aux autorités religieuses sur des questions d'astronomie, de géologie, d'histoire naturelle ou sur l'origine de l'homme et des religions. Cet essai prend le contre-pied du courant actuellement dominant chez les historiens des sciences qui minimise les conflits les plus connus entre sciences et religions et propose une version oecuménique et édulcorée de l'histoire des rapports entre deux institutions, dont chacune tente d'imposer sa vision du monde, l'une fondée sur la nature, l'autre sur le surnaturel.
