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Cet ouvrage aborde d'un point de vue original la période de la « crise de la conscience européenne » et son prolongement jusqu'au milieu du XVIIIe siècle. Il prend comme fil conducteur l'émergence d'une conception laïque et matérielle de l'être humain, problématique au cour d'aspects clés des Lumières. En suivant les différents moments du débat autour de l'âme humaine - qui touche au fondement de la doctrine chrétienne -, il étudie les polémiques théologico-politiques de cette période dans lesquelles s'insère ce débat.
La première partie, consacrée à l'Angleterre après la Glorieuse Révolution, analyse les luttes idéologiques et religieuses de la fin du XVIIe et au début du XVIIIe siècle, ainsi que le contexte philosophique et scientifique, avant d'étudier en profondeur la controverse sur Dieu, l'âme et la nature humaine. La deuxième partie, qui traite des « premières Lumières » françaises, suit d'abord les échos des controverses anglaises transmis par les passeurs huguenots, avant d'analyser la spéculation scientifique et philosophique en France dans la première moitié du XVIIIe siècle, montrant comment ces courants ont nourri la pensée matérialiste.
Cette histoire transnationale, qui permet de comprendre les limites d'une histoire des idées cherchant à isoler un courant irréligieux cohérent culminant dans le matérialisme français du XVIIIe siècle, étudie aussi comment ce débat a nourri « l'histoire naturelle de l'homme » de la deuxième moitié du siècle ainsi que le courant matérialiste qui s'affirma à partir de 1760. En soulignant le rôle joué non seulement par les polémiques théologiques protestantes mais également par la recherche médicale, cette analyse permet de relativiser certaines interprétations des « Lumières radicales ».
